Das IfL ist in nationalen und internationalen Forschungsnetzwerken aktiv. Wichtigster Bestandteil der Kooperation ist die Zusammenarbeit mit den anderen raumwissenschaftlichen Einrichtungen der Leibniz-Gemeinschaft – Akademie für Raumforschung und Landesplanung, Leibniz-Institut für ökologische Raumentwicklung, Leibniz-Institut für Regionalentwicklung und Strukturplanung – im  4R-Netzwerk. 
Außerdem kooperiert das IfL kooperiert unter anderem mit folgenden Einrichtungen:
sowie mit zahlreichen anderen in- und ausländischen Institutionen, Organisationen und Wissenschaftlern.
Das IfL kooperiert mit Partnerinstituten im europäischen und außereuropäischen Ausland. Die Zahl der Kooperationen konnte in den letzten Jahren auf heute 24 erhöht werden. Ein räumlicher Schwerpunkt liegt bei Universitäten und Akademieinstituten im östlichen Europa.
Zuletzt ist 2004 ein Kooperationsvertrag mit der Universität Zagreb unterzeichnet worden, der die Zusammenarbeit mit Nachwuchswissenschaftlern aus Südost-Europa erleichtern soll.
Um die wissenschaftliche Zusammenarbeit mit den Kooperationspartnern im östlichen Europa zu intensivieren und die Effizienz seiner Feldforschungen zu verbessern, hat das IfL seit 1996 Arbeitsstützpunkte aufgebaut. An inzwischen acht Universitäts- oder Akademieinstituten (Moskau, St. Petersburg, Kaliningrad, Kiew, Riga, Klaipeda, Sofia, Cluj-Napoca) stehen Fachwissenschaftler im engen Kontakt zu Mitarbeitern des IfL, die sich mit regionalgeographischen Fragestellungen des östlichen Europa befassen.
Die Partnerinstitute unterstützen organisatorisch und inhaltlich Forschungen des IfL vor Ort. Im Gegenzug nutzen Mitarbeiter der Arbeitsstützpunkte Dienstleistungen des IfL bei ihren Studienaufenthalten in Leipzig.
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Deutsche Akademie für Landeskunde 